Institutul de Studii Avansate pentru Cultura și Civilizația Levantului funcționează în baza unei legi speciale, Legea nr. 117/2017, publicată în Monitorul Oficial nr. 404 din 30 mai 2017, care reglementează structura de conducere și atribuțiile acesteia.
Conform Articolului 5, alin. (1) din lege, conducerea executivă a Institutului este asigurată de Colegiul Director și de directorul general. Colegiul Director este compus din patru membri: Președintele Colegiului Director, care este și președintele Consiliului Științific; Vicepreședintele Consiliului Științific, membru; Secretarul General al Consiliului Științific, membru; Directorul General, membru.
Potrivit prevederilor legale, Președintele Colegiului Director, Vicepreședintele și Secretarul General nu sunt remunerați pentru activitatea desfășurată în această calitate. Participarea acestora la ședințele Colegiului Director nu este însoțită de nicio formă de retribuție.
În cei opt ani de funcționare a Institutului, începând cu momentul publicării legii nr. 117/2017 anul 2017, în Monitorul Oficial nr. 404 din 30 mai 2017, Președintele Colegiului Director a fost remunerat doar pentru o perioadă de șapte luni, în baza Ordonanței de Urgență nr. 66 din 19 septembrie 2019 care a fost abrogată în iunie 2020.
În urma reorganizării instituționale, ca urmare a aplicării Legii nr. 296/2023 cu modificările și completările ulterioare, funcția de director științific nu mai există, atribuțiile aferente acestei funcții fiind preluate de Directorul General. Salariul net al Directorului General este de 7611 RON, conform legislației în vigoare.
La 10 februarie 2026 a fost depusă la Senat propunerea legislativă B43/2026 pentru modificarea Legii nr. 117/2017 privind înființarea Institutului de Studii Avansate pentru Cultura și Civilizatia Levantului. Inițiativa legislativă are în vedere schimbarea numelui în Institutul Levant de Studii Avansate pentru Cultura Păcii și nu va determina majorări salariale și nici acordarea altor drepturi bănești pentru personalul contractual al Institutului față de nivelul salariilor și drepturilor aflate în plată în prezent.
